2.13.2g6.1 - Anexo 6 - Filogeografia (slideshow)

“Flowers of South-West Europe - a field guide” - de Oleg Polunin e B.E. Smythies

“Revisitas” de regiões  esquecidas no tempo - “Plant Hunting Regions” - a partir de uma obra de grande valor para o especialista e amador de botânica como da Natureza em geral.

Por

Horst Engels, Cecilia Sousa, Luísa Diniz, Nicole Engels, José Saraiva, Victor Rito

da

Associação “Trilhos d’Esplendor”

2.13 The Northern Serras of Portugal

2.13 As Serras do Norte de Portugal 2.13.2 Serra da Estrela Introdução Geografia, Clima, Geologia, Geomorfologia e Solos Bioclima, Biogeografia, Vegetação actual e potential Zona de Baixa Altitude (meso-temperada e meso-medetirrânica) Introdução (cont.) Zona de Média Altitude (supra temperada e supra-mediterrânica) Zona de Alta Altitude (oro-temperada) Os Habitats da Serra da Estrela Florestas Charnecas e Matos Formações herbáceas Ambientes aquáticos Ambientes rochosos Turfeiras altas Habitats rurais “Cultural Landscapes of Europe” - Serra da Estrela, uma paisagem tradicional Mudança climática e sucessão vegetational no Holocénico Acção antropogénica e degradação florestal no Holocénico Um modelo para a gestão da Serra da Estrela A Fauna da Serra da Estrela Observação de Aves na Serra da Estrela Anexos O Sítio Estrela Lista dos Habitats Introdução à Bioclimática Introdução à Biogeografia Introdução à Fitossociologia Introdução à Filogeografia Slideshow (universidade do Porto) Avise (2009) phylogeography: retrospect and prospect Bloomquist et. al. (2010): routes to phylogeographic inference Statistical phylogeography Population Structures - F-Statistics The “structured coalescent” - Conceptual Models e DAGs MCMC - Markov chain Monte Carlo method NCPA - Nested Clade Phylogenetic Analysis Methods for constructing evolutionary networks from infraspecific DNA.

Folha de Cálculo: Flora da Serra da Estrela (Lista provisória de plantas vasculares e não-vasculares) Bases de Dados: Biodiversity on the Iberian Peninsula (Parte II - Northern-Portugal)

Mapas das Serras do Norte de Portugal: Mapas das Serras do Norte de Portugal Carta Topographica (1:25.000) da Serra da Estrela (PDF)

2.13.2 Serra da Estrela (Anexos)

Anexo VI - Introdução à Filogeografia

1. Slideshow (Universidade do Porto)
2. Avise (2009) - phylogeography: retrospect and prospect
3. Bloomquist et. al. (2010) - routes to phylogeographic inference
4. Statistical pyhylogeography
1. Population Structures - F-Statistics
2. The “structured coalescent” - Conceptual Models e DAGs
3. MCMC - Markov chain Monte Carlo method
4. NCPA - Nested Clade Phylogenetic Analysis
5. Methods for constructing evolutionary networks from infraspecific DNA.

Mas começamos com uma série de diapositivos na base de aulas sobre filogeografia do Curso de “Mestrado em Biodiversidade, Genética e Evolução” da Universidade do Porto.

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* Mapas sintéticos de frequências alélicas

* Gene-culture coevolution between cattle milk protein genes and human lactase genes

* Wombling - Womble - Monmonier - Wombsoft

* Spatial Autocorrelation é uma das técnicas frequentemente usadas na análise da estatística espacial

* Teste de Mantel

* Structured Populations (Example case:  Journal of Heredity 2006:97(3)) Deviations form Hardy-Weinberg Equilibrium FST - Fixation Index - Sewall Wright

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* INTRASPECIFIC PHYLOGEOGRAPHY: The Mitochondrial DNA Bridge Between Population Genetics and Systematics A teoria de coalescência (Wakeley 2003) (Avise 2009)

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* Mitochondrial DNA - Haplotípos (Haplogrupos)

* Nested clade analyses of phylogeographic data: testing hypotheses about gene flow and population history

* Algumas puplicações sobre NCPA

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* Crítica no método de NCPA por Petit (2008) Defesa de Templeton (2008)

* Filogeografia e a teoria de coalescência (Avise 2009)

* Teoria de Coalescência e Selecção Natural (Wakeley, 2010)

* Statistical Phylogeography (Knowles & Maddison  2002) Statistical Phylogeography: Review (Knowles 2009) Invited Review: Statistical Inferences in Phylogeography (Nielsen & Beaumont 2009)

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* A teoria de “Refúgios dentro do refúgio”

* A Serra da Estrela - ?um centro de refúgio pleistocénico no GLM? Alguns artigos sobre os Lacertidae da Península Ibérica

* Historical biogeography and conservation of the  golden-striped salamander (Chioglossa lusitanica) in northwestern Iberia... (Alexandrino et al. (2007)

* Galemys pyrenaicus (Javier Igea et al. 2013)  [1]

[1] Javier Igea, Pere Aymerich, Angel Fernández-González, Jorge González-Esteban, Asunción Gómez, Rocío Alonso, Joaquim Gosálbez and Jose Castresana:  Phylogeography and postglacial expansion of the endangered semi-aquatic mammal Galemys pyrenaicus. BMC Evolutionary Biology  13:115. 2013.

À seguuir:

2.13.2g6.2 - Anexo 6 - Avise

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